Республіканський історико-археологічний заповідник «Калос Лімен»створений на основі одного з найбільших античних міст Північно-Західного Криму — Калос Лімена (Чудової Гавані), для вивчення і популяризації цього унікального археологічного комплексу, його некрополя, садиб і аграрної округи. Це поселення було засновано греками — іонійцями на самому початку IV ст. до н.е. У третій чверті IV ст. до н.е. цей населений пункт, як і вся територія Тарханкутського півострова, був включений до складу дорійського поліса Херсонес Тавричеський. Зберігши за собою свою первісну назву, містечко зробилося головним форпостом Херсонеса в північно-західному Криму. Незважаючи на значний тиск з боку кочових племен Чудова Гавань зберігала за собою провідне становище у воєнно-політичному та економічному житті регіону до середини II ст. до н.е. Після цього, Калос Лімен, покинутий греками, займають скіфи. В часи Скілура та Паллака він стає одним з головних портів Кримської Скіфії. У перших століттях н.е. тут існує велике пізньоскіфське городище. Воно було покинуто через просунення в Крим з Подніпров'я нових орд кочівників — сарматів.
Завдяки збереженню стародавніх споруджень городища і античних садиб, а також їхньої значимості для історії Криму, постановою Ради Міністрів АРК від 22 квітня 1997 р. (№ 124, Наказ № 140 Міністерства культури, підписаний 29 травня 1997 р.) на основі стародавнього населеного пункту був створений заповідник «Калос Лімен». Основна колекція комплектується на базі наслідків робіт Західно-Кримської експедиції Кримської філії Інституту археології НАН України з 1988 р. по цей час. РІАЗ «Калос Лімен» працює в тісному зв'язку з Національним заповідником «Херсонес Тавричеський», Кримською філією Інституту археології НАН України, Євпаторійським краєзнавчим музеєм. Кримським республіканським краєзнавчим музеєм, Донузлавською експедицією Російської академії наук
У джерел створення заповідника стоїть завідуючий відділом Кримської філії Інституту археології НАН України, кандидат історичних наук, член-кореспондент Кримської академії Наук, Лауреат Держпремії Криму та премії Республіканського фонду культури Кутайсов Вадим Олександрович.