Почаївський історико-художній музей створений у 1959 р. з ініціативи Андріюка  Андрія Васильовича як музей атеїзму. На той час він займав дві кімнати приміщення міського будинку культури. Створення музею припадає на пік розвитку атеїстичної пропаганди в краю. Згодом музей стає відділом Тернопільського обласного краєзнавчого музею і отримує нове приміщення безпосередньо під стінами Почаївської Успенської лаври.

Вершиною діяльності музею стають 1981—1991 роки. Музей отримує колишнє приміщення профтехучилища. Експозиція музею висвітлювала історію релігії та атеїзму від первісних часів до сучасності в хронологічному порядку. Паралельно з цим діяли зал космонавтики та так званий зал «Контрпропаганди», де висвітлювалася діяльність протестантських церков, забороненої на той час Української греко-католицької церкви, зарубіжних релігійних організацій.

Після проголошення у 1991 році Незалежності України на вимогу Лаври він змушений був віддати будинок і переїхати в аварійне та не пристосоване приміщення  — до старої школи, розташованої в дуже незручному місці. Проте кошти ще дозволили провести його частковий ремонт і розгорнути нову експозицію. Змінилася і назва музею.  Він став музеєм духовної культури.

На вимогу релігійних громад і з дозволу Міністерства культури музей змушений був повернути громадам деяку кількість культових предметів. На щастя, вдалося віддати мінімально можливу їх кількість і зберегти в музеї найцінніші експонати.

В 2002 році музею вдалося знову отримати самостійність і назву Почаївський історико-художній музей.

Музейна експозиція була побудована як комплекс окремих виставок, основну частину яких було присвячено історії Почаївської лаври. Значне місце в музеї займав зал «Сакральне мистецтво Волині». Окремий розділ був, присвячений перебуванню в Почаєві Т. Г. Шевченка. Вдалося зберегти і розгорнути для відвідувачів розділ «Людина і космос», який викликав значний інтерес учнівської молоді.

Основний фонд музею складає близько 40 тисяч експонатів.