До складу музейної інфраструктури Ніжинського краєзнавчого музею ім. І. Спаського входять: повнопрофільні експозиції історичного відділу, відділу «Природа Приостер’я», художнього відділу і відділу «Поштова станція». 

Експозиція єдиного в Україні музею «Поштова станція» розміщена в одному з будинків комплексу будівель Поштової контори – пам’ятки архітектури XVIII ст. вона побудована на основі архівних документів про Ніжинську пошту, які збереглися в Державному історичному архіві м. Києва і Центральному історичному архіві Санкт-Петербургу. 

Експозиція музею присвячена історії розвитку Кінної пошти України з періоду Київської Держави – до кінця XIX ст. За архівними джерелами в окремому залі відтворено інтер’єр кімнати станційного наглядача з робочим місцем станційного наглядача і місцями для відпочинку подорожуючих. 

В експозиції представлені різноманітні матеріали про життя і творчість видатного українського художника-баталіста, академіка Миколи Семеновича Самокиша, який 25 жовтня 1860 р. народився в будинку Поштової контори м Ніжина.

Художній відділ Ніжинського краєзнавчого музею ім. І. Спаського складається з трьох експозиційних залів, де можна ознайомитися з картинами всесвітньо відомих художників С.Ф.Шишка, М.І. Стратілата, П.С.Орла, Ю.І.Галича, В.Доброліжа, С.М. Рибака (живопис, графіка); матеріалами про життя і діяльність «цариці української сцени» Марії Заньковецької у Ніжині; творчістю ніжинця художника О.Г. Якимченка (1878 р.), випускника Московського художнього Строганівського училища. 
 
Історичний відділ Ніжинського краєзнавчого музею ім. І. Спаського складається з п’яти експозиційних залів в яких розташовані понад 2 тисячі оригінальних експонатів. Найбільший період охоплюють експонати першого залу: від часу поселень людей в міжріччі Десни і Остра у VI-III тис. до 1825 року. Цікава колекція археологічних знахідок, отриманих під час розкопок на території старої частини міста, речей козацької доби (холодна та вогнепальна зброя, гетьманські універсали), експонати, що характеризують Ніжин як місто з великою кількістю храмів, як місто багатонаціональне (зокрема історія виникнення грецької громади в місті). 

Експозиція II-го залу охоплює період з 1825 р. по 1914 р. У вітринах підручники по яких займались вихованці Ліцею кн. Безбородько, оригінальні документи – свідки скасування кріпацтва та прогресивних реформ кінця XIX ст. Висвітлено культурно-просвітницьке життя міста. 

Експозиція III-го залу зображує період з 1917 р. по 1941 р.: встановлення радянської влади в повіті, голодомор 1932—1933 рр., репресії 30-х років по відношенню мешканців міста, початковий період Великої вітчизняної війни. В залі експонуються особисті речі, нагороди ніжинців, що зі зброєю в руках захищали свободу. У центрі залу розміщена незначна кількість зброї часів війни. 

Експонати IV-го залу цілком присвячені підпільній організації під керівництвом Я. П. Батюка та партизанському руху на Ніжинщині (зброя, макет партизанської землянки, речі з місць масових розстрілів мирних жителів міста). 

У V-му експозиційному залі (1941—1945 рр.) висвітлена тема визволення м. Ніжина від німецьких загарбників та звільнення території України від окупаційних військ (особисті речі, оригінальні фронтові сувеніри, документи). 

Відділ «Природа Приостер’я», що складається з двох експозиційних залів, містить фізико-географічну характеристику краю, геологічну карту та схему геологічного розрізу Ніжинського району. Представлені палеонтологічні відбитки та рештки тварин різних епох від юрського до антропогенового періодів, знайдених на території області та району. Тут відображений рослинний та тваринний світ краю містить схему лісів Ніжинського району, боліт району з типовими представниками болотяної флори та фауни, лісової фауни. Окремою темою проходить сучасний екологічний стан краю з особливим наголосом на радіаційне забруднення області і району в результаті Чорнобильської аварії 1986 року. 

Завершує експозицію вітрина, присвячена Червонокнижним місцевим видам рослин і тварин. Гербарні та об’ємні екземпляри рослин, опудала птахів, тварин, об’ємні діарами експозиції створюють детальне уявлення про природу Приостер’я. 

При відділі «Природа Приостер’я» функціонує «зоокуточок» в якому утримуються мешканці різних регіонів планети: середньоазійські та північно-американські черепахи, африканські гігантські равлики та інші. «Зоокуточок» реконструйований кілька років тому, викликає посилений інтерес як серед дорослих так і серед дітей, кількість яких з кожним роком зростає.