6 жовтня 1701 року Києво-Могилянський колегіум одержав статус академії.Новий статус навчального закладу підтверджував грамотою російського царя Петра І.

Однак ще задовго до цієї події Києво-Могилянська колегія виконувала функції університету. Історія навчального закладу розпочинається у 1615 році. Цього року у Києві була заснована Київська братська школа, приміщення для якої було збудовано коштом шляхтянки Галшки Гулевичівни-Лозки. Відразу після створення школу взяли під свій протекторат Військо Запорізьке та особисто гетьман Петро Сагайдачний.

У 1632 році у розвитку академії настає новий етап. Після об'єднання двох навчальних закладів — Київської братської школи та Лаврської школи — утворюється Києво-Братська колегія. Саме на цей період припадає діяльність київського митрополита Петра Могили. Він реформував колегію у дусі єзуїтських навчальних закладів. По-перше, значна увага приділялася викладанню іноземних мов; по-друге, станових обмежень для навчання в колегії не існувало. Це сприяло зростанню авторитету колегії як вищого навчального закладу на території не лише України, а й усієї Східної та Південної Європи. Поруч з українцями, тут навчалися білоруси, росіяни, серби, хорвати, боснійці, греки, болгари.

Серед випускників Києво-Могилянської академії виділяються архітектор Іван Григорович-Барський, композитори Артемій Ведель та Максим Березовський, філософ Григорій Сковорода.

Києво-Могилянська академія проіснувала до 1817 року, коли була закрита указом Синоду. На її базі через два роки була створена Київська духовна академія.

У 1992 році, після здобуття Україною незалежності, академія відновила свою діяльність. Її першим ректором став В'ячеслав Брюховецький.