Білоцерківський краєзнавчий музей є потужним науково-методичним центром Правобережної Київщини. На базі музею щороку проводяться краєзнавчі читання, науково-практичні конференції різного рівня, присвячені визначним подіям історії та сучасності, друкуються їх матеріали.
У 1996 р. в Білоцерківському краєзнавчому музеї започатковано випуск науково-популярного історичного видання – щорічника “Юр’ївський літопис”. Традиційними є в музеї творчі зустрічі з художніми колективами національно-культурних товариств Київщини, тематичні вечори, художні виставки, виставки декоративно-вжиткового мистецтва та народних майстрів.
До 80-річчя Білоцерківського краєзнавчого музею у 2004 році наукова рада БКМ 12 листопада 2002 року прийняла рішення (протокол №8)  про створення прапора Білоцерківського краєзнавчого музею.
У XVI–XX ст. Біла Церква була центром визвольних змагань українського народу, тому за основу прапора було взято форму і малиновий колір козацької корогви з трьома фестонами. У центрі прапора зображено щит із гербом музею. Блакитне тло щита перетинає навпіл срібна річка, над якою зображений чорний дрізд із золотим ключем у лапках, а під річкою – схрещені козацька шабля та булава жовтого кольору. Щит обрамлений барвінковим віночком.

Малиновий колір прапора символізує Київщину, до складу якої входить Біла Церква й історію якої досліджує Білоцерківський краєзнавчий музей.
Дрізд із ключем на гербі символізує  засновника, організатора і першого  директора музею Степана Леонтійовича Дроздова-Мишківського. Річка на гербі це — р  Рось, що несе свої води біля Замкової гори, на якій розташований музей. Шабля і булава — це атрибути гетьманської влади, козацькі клейноди, які супроводжували  козаків у  походах,  були їх святинями і які збирає й зберігає їх музей. Барвінковий вінок — символ вічно молодої України з багатонаціональним розмаїттям її культурної та історичної спадщини.

Прапор Білоцерківського краєзнавчого  музею є результатом  спільної наукової і художньої праці співробітників музею та художників міста  — О. Дмитренка та О. Жарка, які при створенні герба використали цікаву пропозицію С.Гущиної старшого наукового  співробітника відділу природи та археології.